Tras vencer los campeonatos semiprofesionales de 2003 y 2004, la J. League lo incluyó como equipo de expansión para la temporada 2005, y pasó a jugar en J2 League como equipo profesional.

El Tokushima Vortis ganó el torneo reducido en 2013, tras obtener el cuarto lugar en la J2 League, para ascender por primera vez a la J1 League y traer la máxima categoría a la isla de Shikoku, por mucho tiempo olvidada por las grandes ligas deportivas del país.

“Haré todo lo posible para lograr el ascenso a Primera”, agregó el asturiano, uno de los entrenadores más valorados en Japón.

En diciembre de 2022, Beñat Labaien se convierte en entrenador del club, sustituyendo a Dani Poyatos que había fichado por el Gamba Osaka.

El derbi que enfrente a los equipos de la región de Shikoku, Tokushima Vortis, Ehime FC y Kamatamare Sanuki, algunos partidos tienen nombres específicos, el derbi entre el Tokushima Vortis y el Kamatamare Sanuki es conocido como el Higashi Shikoku Classico (Clásico del Este de Shikoku) y el partido entre el Kamatamare Sanuki y el Ehime FC como Kita Shikoku Classico (Clásico del Norte de Shikoku).