La Copa Interclubes 1999 fue la vigésimo quinta edición de la Copa Interclubes de la Uncaf, torneo de fútbol más importante a nivel de clubes de Centroamérica organizado por la Uncaf y que contó con la participación de 11 equipos de la región, 3 equipos más que en la edición anterior, incluyendo por primera vez a equipos de Nicaragua y Belice.
El CD Olimpia de Honduras fue el campeón del torneo tras ser el equipo que acumuló más puntos durante la fase final del torneo disputada en Honduras para ganar el título por segunda ocasión, mientras que el Deportivo Saprissa, campeón de la edición anterior, ocupó el tercer lugar del torneo.
Jugado en Honduras.
2° Título