En 1533 amenazaba ruina total y se planeó construir nueva iglesia en 1598, sustituyendo la iglesia románica por una gótica siguiendo trazas del cantero Francisco Collado; compuesta por una espaciosa nave, transepto, cabecera con tres ábsides pentagonales y capillas abiertas a la nave centra en las que estarían enterrados los componentes de las familias más linajudas de Soria, los Veras, Mariscales de Castilla, Barnuevos, Morales y Zapatas, Beltranes, Calderones, Heras y Aguileras.

En este incendió también desapareció el archivo, con lo cual no quedó documentación que pudiera dar más pistas sobre sus orígenes y primera edificación.

En la otra no se observan estos elementos arquitectónicos siendo esta, además, alterada por la construcción de un edificio anejo que albergaba, entre otras dependencias, el bar-restaurante del colegio universitario que cuenta con planta sótano.

En armonía con el Convento estaba la extensa huerta con un gran estanque rectangular, adornado con pilastrillas y pirámides, revestido todo él de cantería, donde los frailes tenían sabrosa y abundante pesca para su uso particular.

En la actualidad pervive parte de la cerca, delimitando las instalaciones del colegio universitario, englobando el espacio libre de la antigua iglesia y el patio del claustro.

Todo este espacio, por tanto, se ha sometido a una fuerte afección al efectuarse excavaciones bajo cota 0 que han alterado gravemente el substrato preexistente.

Todos los elementos que se aprecian en la planimetría y fotografía antigua han desaparecido casi por completo.

Su planta actual es de nave única, dividida en cuatro tramos rectangulares por arcos fajones apuntados, coro alto a los pies y capilla mayor pentagonal, a la que, en el lado del Evangelio, se abre una espaciosa capilla.

Los restantes tramos, reconstruidos en el siglo XIX, exhiben bóvedas de arista.

La capilla consagrada a San Bernardino fue fundada en 1495 por Diego de Morales, Consejero del Rey Católico.

La capilla mayor estaba dedicada, al parecer, a Nuestra Señora de Belén y actualmente alberga un interesantísimo retablo realizado en el siglo XVI por Pinedo, que primitivamente estaba en la iglesia de San Nicolás.

Las calles se distribuyen con columnas corintias de fuste estriado en movimiento espiral, con el tercio inferior decorado con grutescos.

En él, tal como dispuso en su testamento, fechado en 1514, deben reposar los restos de Nicolás Beltrán.

Además de la iglesia y las dependecias conventuales antes descritas, se conserván las ruinas del perímetro del convento en las que se pueden observar el transepto, la cabecera con tres ábsides pentagonales y los muros exteriores de las capillas.

[2]​ La propuesta ganadora fue 'Green grass of tunnel’, proyecto de los arquitectos Bernardo del Pino y Javier Gorostidi.

Un pavimento de hormigón texturizado y un sistema de lomas vegetales situadas estratégicamente en el límite con la calzada, permiten delimitar una zona peatonal sinuosa y amortiguar los ruidos del tráfico rodado.