Durante su estancia en el equipo levantino coincidió con ciclistas como Aitor González, Santiago Botero, Óscar Sevilla y Alejandro Valverde.

En 2004 pasó al Saunier Duval dirigido por Joxean Fernández "Matxín", volviendo a la senda de las victorias.

[3]​[4]​ Entre las pruebas recabadas por el instituto armado se encontraban las siguientes: Zaballa no fue sancionado por la Justicia española al no ser el dopaje un delito en España en ese momento, y tampoco recibió ninguna sanción deportiva al negarse el juez instructor del caso a facilitar a los organismos deportivos internacionales (AMA, UCI) las pruebas (documentación y bolsas sanguíneas) que demostrarían su implicación como cliente de la red de dopaje.

Esa temporada ganó la Euskal Bizikleta, carrera en la que además de la general se llevó la etapa reina (la última jornada con final en Arrate) y la regularidad.

Posteriormente confirmó esas buenas sensaciones y fue segundo en la carrera con final en El Soplao (sólo superado por Rubén Plaza, también implicado en la Operación Puerto y corriendo sin sanción en un modesto equipo portugués), subiendo al podio para recoger la medalla de plata con su hija Adriana (de cuatro meses) en brazos.

[7]​ Debido a las buenas actuaciones cosechadas en el cyclo-cross durante las temporadas 2008-2010 fue seleccionado para disputar en Mundial de la especialidad acabando en 46.º lugar.