[4]​ Al final de este periodo con la bonanza marimbera iniciaría el narcotráfico en Colombia,[5]​ que sería un detonante para el conflicto armado interno tanto como factor de la economía como social y militar.

[6]​[7]​ El Frente Nacional terminó con los enfrentamientos entre liberales y conservadores, con el tiempo también se hizo claro que las esperanzas de cambio que la paz había traído a la población campesina habían sido defraudadas.

Este descontento se manifestó en la formación de los denominados “bandoleros” y de proyectos políticos revolucionarios emergentes o comunistas, que empezaron a proliferar basándose en la experiencia cubana, también surgieron nuevos movimientos sociales.

La paz no vino acompañada por reformas de fondo en el sector agrícola o la reparación a los millones de víctimas despojadas en La Violencia, lo que provocó que el conflicto por la tierra siguiera latente.

Durante el Frente Nacional Colombia estuvo bajo un Estado de excepción[8]​ se suspendía la vigencia de las leyes ordinarias y se introducían decretos extraordinarios del Ejecutivo que entre otras cosas permitían que la autoridad militar reemplazará a la civil en los casos concernientes al orden público.

[12]​ Su gobierno creó el Instituto Colombiano de la Reforma Agraria (Incora) en 1961[13]​ y fue apoyado por los Estados Unidos mediante la Alianza para el progreso impulsada por John F.

[18]​ Fueron abatidos: Jair Giraldo 'Franqueza' [19]​ Roberto González 'Pedro Brincos'[20]​ y el 'Capitán Venganza',[21]​ El fenómeno del bandolerismo continuaría hasta 1968.

[24]​ Estas primeras organizaciones creían estar viviendo en Colombia unas condiciones pre-revolucionarias que como movimiento armado podían recoger, sin embargo, no contaron con el apoyo de bases sociales organizadas ni partidos, por ende, fueron rápidamente aniquiladas.

La guerra contra estos territorios se llevó a cabo bajo la presión de la clase política tradicional, recelo del contagio comunista y de los efectos que pudiera tener la revolución cubana en el país, y del gobierno norteamericano con la Doctrina de Seguridad Nacional y del Plan LASO (Latin American Security Operation).

[33]​ Desde Riochiquito se formularía el Programa agrario de los guerrilleros[34]​ en julio de 1964 y más tarde en medio de la primera conferencia se constituirá el Bloque Sur en conjunto con las fuerzas comunistas del Pato y Guayabero, nombrando a Pedro Antonio Marín alias ‘Manuel Marulanda Vélez’ o ‘Tirofijo’ como primer comandante, Ciro Trujillo Castaño alias ‘Mayor Ciro’ como su segundo y Luis Alberto Morante, Jacobo Arenas como ideólogo y enlace con el Partido Comunista.

Con alrededor de 350 hombres, abrieron operaciones en el Guayabero, El Pato, Natagaima y Chaparral (Tolima).

Además, adoptaron sus primeros estatutos, un reglamento interno, un régimen disciplinario y las normas de comando; acogieron un plan militar nacional y afirmaron que iniciaban una lucha prolongada por la toma del poder.

[37]​ El 28 de abril fue secuestrado y asesinado el empresario agroindustrial Oliverio Lara Borrero, por sus empleados.

Decidieron centrar su actuación en Santander, donde la situación originada por las huelgas petroleras era difícil y, aprovechando los restos de las antiguas guerrillas liberales, conformaron en San Vicente de Chucuri un primer foco insurgente.

[43]​ El 15 de febrero de 1966 Camilo Torres Restrepo y 5 guerrilleros más, caen en combate en Patio Cemento (Santander) al intentar emboscar al Ejército Nacional y su cuerpo es desaparecido.

[62]​ El 22 de abril, las FARC atacan al Ejército Nacional entre Chaparral y Rioblanco (Tolima):6 muertos.

[68]​ Para el último período oficial del Frente Nacional el candidato de gobierno, el conservador Misael Pastrana Borrero, se enfrentó al líder de la ANAPO, el General retirado Gustavo Rojas Pinilla.

En su mandato el gobierno intervino durante la primera de las Guerras verdes en Boyacá.

Las tropas cercan y copan una columna guerrillera que, al mando de los hermanos Vásquez Castaño, se encuentra en el Bajo Cauca antioqueño.

[83]​ Fabio Vásquez Castaño huye del país derrotado y juzgado por sus hombres, se refugia en Cuba (donde muere en 2019).

[84]​[85]​ Las FARC, extendieron sus operaciones militares por la zona del Urabá antioqueño y Santander.

[90]​ El conflicto armado interno continuará en los años siguientes con un aumento de las causas que lo ocasionaron: el problema de las tierras, los conflictos sociales y políticos, la desigualdad social.