Los agentes más efectivos de la descomposición son las bacterias y otros microorganismos.[4][5][6] También desempeñan un importante papel los hongos, protozoos y actinobacterias (o actinomycetes, aquellas que se observan en forma de filamentos blancos en la materia en descomposición).En cielo abierto, resulta ser un foco de infecciones, gusanos y malos olores.Una buena política encaminada a reciclar los materiales orgánicos reduce la contaminación y fomenta la producción, reconstruyendo la estructura de la tierra y devolviendo a la naturaleza los nutrientes que la actividad del hombre ha tomado prestados previamente.Para ello se escoge un lugar al aire libre ya sea patio o jardín de preferencia lejos de la casa o la cocina, le debe dar el sol y la sombra durante el día.Se pueden utilizar productos desodorantes, aunque una pila bien mantenida raramente produce malos olores.[11] Los microorganismos necesitan agua como medio para transportar nutrientes y otros elementos, además es determinante en el intercambio gaseoso.En el proceso de compostaje es importante que la humedad alcance niveles cercanos al 40-60 %.Si la humedad es excesivamente baja se disminuye la actividad de los microorganismos y el proceso es más lento.Sin embargo, dicho manejo y control debe ser adecuado, ya que de lo contrario no solo destruiría organismos patógenos, sino también flora benéfica antes de que el proceso lo haga naturalmente en el momento justo.Para obtener un compost de buena calidad es importante que exista una relación equilibrada entre ambos elementos.[12] Este es un parámetro importante para evaluar el ambiente microbiano y la estabilización de los residuos.La aireación tiene un doble objetivo, primero aportar el oxígeno suficiente a los microorganismos y, segundo, permitir al máximo la evacuación de CO2 producido.Aun así pueden ser útiles para el abonado de árboles, jardines, etc.Debe evitarse el uso de materiales no biodegradables, como vidrios, metales, alambre, plásticos, caucho, cenizas frescas, fibras sintéticas o frutos con espinas, ya que pueden causar problemas a las personas encargadas de su manejo.[18] Estos organismos se alimentan de residuos orgánicos y los transforman en un producto rico en nutrientes y microbios del suelo utilizado para fertilizar o enriquecer la tierra como medio de cultivo.El compostero actúa pues como comedero (que se puede realizar con palés, conformando 1 m² de base) dejando entradas para las gallinas en dos laterales, y/o por la parte superior con escala.En 2012 se inició un proceso de mayor envergadura en el municipio de Noáin en Navarra en un parque municipal y con una implicación del ayuntamiento (parque de los sentidos) en que participan 30 familias que se reparten los días del mes para aportar los biorresiduos del contenedor marrón donde los vecinos depositan sus biorresiduos.[12] En esta fase tenemos un material fresco, sin humidificar y a temperatura ambiente.Esta actividad microbiana provoca el aumento de la temperatura a 40-45 °C en pocos días (entre dos y ocho).[12][15] Si el material inicial tiene poca humedad la degradación será lenta o inapreciable.[3] Esta fase también se conoce como fase de higienización, el material alcanza temperaturas mayores que los 45 °C, los microorganismos mesófilos son reemplazados por aquellos que crecen a mayores temperaturas (entre 45 °C y 70 °C), en su mayoría bacterias (bacterias termófilas), que actúan facilitando la degradación de fuentes más complejas de carbono, como la celulosa y la lignina.[15] En un comienzo bacterias y hongos termófilos empiezan a degradar la celulosa y parcialmente la lignina, con lo cual la temperatura aumenta, además, actúan transformando el nitrógeno en amoníaco por lo que el pH del medio sube.
