Complejidad irreducible

Si fuesen encontrados auténticos sistemas irreducibles, el argumento funciona y entonces el diseño inteligente debe ser una correcta explicación de sus existencias.

Sin embargo, esta conclusión está basada en el supuesto de que la actual teoría evolutiva y el diseño inteligente son los dos únicos modelos válidos para explicar la vida, es decir, presenta un falso dilema.

El usó el ejemplo del ojo humano como evidencia de un mecanismo complejo diseñado.

Sin embargo, la comunidad científica argumenta que «cualquier sistema no necesariamente necesita tener la misma función que el sistema ancestral del cual evolucionó»; por ejemplo las aletas de los delfines tienen una función distinta a las patas de los mamíferos terrestres.

Sin embargo, en la evolución, algo que al principio es meramente ventajoso puede volverse necesario más tarde.

Estos sistemas, a su vez, pueden haber tenido precursores aún más simples que ahora están extintos.

[25]​[26]​ Kenneth Miller mostró que los flagelos bacterianos es una variación de un sistema cuya función principal no está asociada con el desplazamiento a través del espacio, sino más bien atacar y realizar la desintoxicación celular.

[15]​ Para algunos el ojo es un ejemplo de un órgano extremadamente complejo y perfecto, cuya supuesta unidad funcional indivisible no pudo haberse creado por procesos naturales.

Dicho esto, procedió a trazar a grandes rasgos un plausible curso de evolución, desde organismos sin ojos hasta el ojo humano, usando para ello ejemplos de ojos gradualmente más complejos de varias especies actuales, demostrando así que la evolución gradual es viable.

[28]​ Desde los días de Darwin hasta el presente, se ha comprendido mucho mejor la ascendencia del ojo.

Aunque estudiar la estructura del ojo ancestral a través de la evidencia fósil es problemático debido a que los tejidos blandos no dejan marcas o remanentes, la evidencia proveniente de la genética y la anatomía comparada ha respaldado cada vez más la idea de un ancestro común para todos los ojos.

El escarabajo bombardero puede defenderse dirigiendo un chorro de líquido caliente a un atacante.

En el fallo final de Kitzmiller v. Dover Area School District, el juez Jones destacó específicamente a Behe y la complejidad irreducible: