Los dobletes de microtúbulos se disponen en forma algo oblicua, de modo que un microtúbulo (A) está más cerca al centro del axonema que el otro (B).
El microtúbulo A presenta brazos de dineína, orientados en la misma dirección, dispuestos en sentido horario cuando se mira al axonema desde la base hacia el extremo ciliar.
Las conexiones radiales son puentes que conectan al microtúbulo A de cada par periférico con una vaina proteica que rodea a los microtúbulos centrales.
Las funciones del axonema se han asociado al movimiento de los orgánulos cilias y flagelos.
El transporte intraflagelar (IFT, por sus siglas en inglés) es un proceso celular altamente conservado en la evolución entre eucariotas ciliados, conociéndose pocas excepciones en Apicomplexa.