Este intento de colonización fracasó cuando Dugua perdió su monopolio en 1607, aunque el sitio finalmente volvió a reocuparse con otros colonos.
En todos estos años, los titulares del monopolio tuvieron problemas con frecuencia para lidiar con comerciantes pícaros (de Francia y otras naciones) en América del Norte, por un lado, y con los opositores a su monopolio que tenían conexiones políticas en Francia, por el otro.
Desde 1629 hasta 1635 Champlain fue el teniente de la Compañía en la Nueva Francia.
Por ello, un componente de la carta otorgada a la compañía proveía que sacerdotes católicos formasen parte de todos los asentamientos y exploraciones y a los sacerdotes se les dio autoridad de gobierno conjunta con los intendentes nombrados.
La carta también requería a la compañía que aportase un promedio de 160 pobladores en la Nueva Francia en los siguientes veinticinco años y que soportase su asentamiento durante los siguientes tres años.
David Kirke y sus hermanos, en posesión de una de estas comisiones, navegaron por el río San Lorenzo en buques mercantes armados, quemaron una granja francesa, y exigieron que Champlain rindiese Quebec.
[4] La compañía se encontró con numerosas dificultades adicionales en la explotación de la Nueva Francia incluyendo batallas territoriales con los británicos.
En 1631 la Compañía tuvo que buscar nuevos inversores dispuestos a aceptar los riesgos.
Sin embargo, en las siguientes dos décadas, ese intento también tuvo un éxito muy limitado y Francia centró su atención en cosas más importantes en 1635 cuando se unió a la guerra de los Treinta Años en Europa.