Desde esa fecha, San Pedro y Miquelón es el único territorio francés en América del Norte, como último vestigio de Nueva Francia.

Los vastos territorios, que pasaron a ser conocidos como Acadia y Canadá, estaban habitados por pueblos nómadas amerindios; también había asentamientos de hurones e iroqueses.

En la obra de Giovanni Battista Ramusio se indica un asentamiento iroqués cerca del actual Montreal.

La interacción entre nativos y europeos en este segundo periodo es desconocida en gran medida, debido a la falta de documentos históricos.

En 1600 se estableció otro puesto en Tadoussac (hoy provincia de Quebec), pero solo cinco colonos sobrevivieron el invierno.

Las colonias crecieron lentamente, en parte porque a las minorías religiosas no se les permitía establecerse; Nueva Francia era solamente católica.

En 1684 había dejado Francia con cuatro barcos y trescientos colonos para establecer una colonia en la boca del Misisipi.

Se dividía en cinco colonias, cada una con su propia administración: Canadá, Acadia, Bahía de Hudson, Terranova y Luisiana.

En un principio tuvo un claro predominio francés, aunque el resultado final fue favorable a Gran Bretaña al conquistar Canadá.

Esta segunda soberanía francesa duró poco, porque al año siguiente pasó a los Estados Unidos mediante la Venta de Luisiana.