Operó entre 1975 y 1976, periodo en el cual secuestró, torturó e hizo desaparecer al menos a treinta personas, casi todas ellas dirigentes del Partido Comunista de Chile.Su testimonio, publicado en diciembre de ese año, permitió conocer por primera vez en forma detallada los vejámenes y torturas a los cuales fueron sometidas víctimas de la dictadura militar, y los métodos empleados para hacerlas desaparecer.Pese a ello, aprobaron la idea, y de esta manera la DINA comenzó su trabajo en noviembre, bajo el mando del coronel Manuel Contreras, quien respondía directamente a Pinochet.[7] Ellos se ponían bajo las órdenes del comandante y torturador de la AGA Edgar Ceballos Jones.En diciembre de 1974 el equipo dio muerte a José Bordas Paz («Coño Molina»), dirigente del Comité Central del MIR que unos meses antes había sobrevivido al operativo organizado por la DINA que dio muerte a Miguel Enríquez.Asimismo, el comandante Edgar Ceballos y Roberto Fuentes Morrison se hicieron cargo de un grupo operativo dentro de la DIFA que ahora tenía como objetivo desarticular el Partido Comunista.[15] En los meses siguientes, entre junio y agosto, el Comando Conjunto ejecutaría a otra decena de personas, casi todas militantes del PC.A los pocos meses de iniciada esta tarea, el coronel Edgar Ceballos comenzó a notar que militantes del MIR, después de ser interrogados por agentes del SIFA y liberados, desaparecían misteriosamente; al poco tiempo descubriría que la DINA estaba detrás de dichas desapariciones.[17] Andrés Valenzuela, exmiembro del Comando Conjunto, diría en 1984: «En ese tiempo, teníamos problemas graves con la DINA, pensábamos que era inoperante.Por ejemplo, nuestro grupo logró detener a toda la cúpula del MIR».Cuatro días después de haber sido secuestrado, Guerrero fue entregado a la DINA.Una vez en «La Firma» y tras ser torturado, Contreras ofreció su punto de enlace en calle Nataniel Cox para atrapar al dirigente del PC Leandro Arratia Reyes, lo que fue aceptado por sus captores.[e] De pronto, llegaron todos los vehículos que participaban en el operativo y un móvil de Carabineros que patrullaba el sector, tres agentes con armas —entre ellos Roberto Fuentes Morrison— agarraron y subieron a Contreras a un Fiat 125 celeste patente EG-388 y partieron de vuelta a «La Firma».El 3 de diciembre fueron liberados los ocho militantes comunistas que aún permanecían detenidos en calle Dieciocho.Del total, veintiséis eran militantes del PC, uno no tenía militancia política y uno era miembro del propio Comando Conjunto:[29] La Comisión Rettig también consigna otras muertes y desapariciones forzadas que fueron ejecutadas por «personal uniformado de la FACh» o por algún «organismo indeterminado» que posteriormente se descubrió era el Comando Conjunto: Los métodos de tortura empleados por el Comando Conjunto incluyeron: golpizas reiteradas, colgamientos, aplicación de electricidad en genitales, desnudamientos y abusos sexuales.Según la Comisión Rettig: «El Comando Conjunto practicaba preferentemente la "parrilla" y los colgamientos.Estando ahí, había sido seleccionado y llevado a la Academia de Guerra Aérea, donde se integró al SIFA, y posteriormente continuó en el grupo operativo que él llamó «Comando Unido».[37] A su vez, González solicitó al sociólogo José Manuel Parada, quien era encargado del departamento de Documentación de la Vicaría, investigar y chequear toda información proporcionada por Valenzuela.[37] Ante esta situación, González inició conversaciones para que saliera publicada en The Washington Post.El objetivo de los secuestros y las ejecuciones había sido resguardar los secretos del Comando Conjunto.[14] Tras las revelaciones de Valenzuela Morales en 1984, la investigación se extendió y pasó a ser conocida como «caso Cerda».En 1986 visitó la Cuesta Barriga y revisó el lugar señalado por Valenzuela Morales como lugar de entierro de víctimas del Comando Conjunto, hallando que el terreno había sido utilizado como fosa común y que recientemente había sido adulterado.[47] Cerda se declaró en rebeldía por la decisión, siendo amonestado y quedando al borde de la expulsión del Poder Judicial.En 1988, Cerda archivó temporalmente el expediente del caso, dejando pendiente su cumplimiento, lo que provocó su expulsión de la judicatura, a la cual apeló, siendo revocada.Los condenados incluyen exmiembros de la FACh, Armada, Ejército, Carabineros y civiles, entre ellos: Juan Francisco Saavedra Loyola, Manuel Muñoz, Daniel Luis Guimpert Corvalán, Raúl Horacio González Fernández, Roberto Alfonso Flores Cisterna, Carlos Rodrigo Villarreal, Alejandro Saéz Mardones, Jorge Osses Novoa, Sergio Antonio Díaz López y Álvaro Corbalán Castilla.[53] También en 2022 la Corte Suprema confirmó las condenas a veinte años contra los exagentes del Comando Conjunto Juan Francisco Saavedra Loyola, Daniel Luis Guimpert Corvalán, Juan Atilio Aravena Hurtuvia (los tres exintegrantes de la Armada) y Raúl Horacio González Fernández (exmiembro FACh) por los delitos de asociación ilícita y secuestro calificado de los dirigentes comunistas Aníbal Riquelme Pino, Alfonso Araya Castillo y Francisco González Ortiz.Y también se reveló que la esposa de Campos, Viviana Ugarte, había sido agente del Comando Conjunto.
El profesor y dirigente comunista
Manuel Guerrero
fue secuestrado y torturado por el Comando Conjunto en 1976. Nueve años después fue asesinado por exagentes de la organización.