En 1571, los jefes de ambas familias se casaron con las sobrinas del Papa Sixto V.
Otra familia rival eran los Della Rovere, contra los que lucharon aprovechando el caos reinante durante la guerra de Ferrara.
[3] Durante muchos años, el cardenal Giovanni di San Paolo (elevado en 1193) se identificó como miembro de la familia Colonna y por lo tanto su primer representante en el Colegio de los Cardenales, pero los eruditos modernos han establecido que esto se basó en información falsa proveída desde principios del siglo XVI.
[7] En ese momento comenzó una rivalidad con la familia Orsini pro-papal, los líderes de la facción güelfa.
En 1297, el cardenal Jacopo (Giacomo Colonna) desheredó a sus hermanos Ottone, Matteo, y Landolfo de sus tierras.
Los tres últimos apelaron al papa Bonifacio VIII que ordenó a Jacopo devolverle las tierras, y además de entregarle las fortalezas de Colonna, Palestrina, y otras ciudades familiares al Papado.
Fue él quien, en la vejez, coronó a Luis IV de Baviera como emperador del Sacro Imperio en 1328.
La familia permaneció en el centro de la vida cívica y religiosa durante toda la Baja Edad Media.
En 1314, el cardenal Egidio Colonna murió en Aviñón, actualmente Francia, donde los papas se habían retirado.
Vittoria Colonna se hizo famosa en el siglo XVI como poetisa y figura destacada en los círculos letrados.
La residencia de la familia en Roma, el Palazzo Colonna, está abierto al público todos los sábados por la mañana.