Logró un nuevo emplazamiento en unas casas propiedad del cabildo catedralicio que se encontraban entre la collación de Santa María.

[2]​ En 1523 el edificio contaba con un claustro de dos plantas, una capilla, un refectorio, tres aulas y una biblioteca.

A finales del siglo XVI la universidad tenía ya dos cátedras de Latín.

Thomas Hussey se trasladó a estudiar al Colegio de Santo Tomás entre 1767 y 1769.

Esta institución, y el convento dominico de San Pablo, mantuvieron una estrecha relación con Irlanda.

En 1798 el sacerdote John Murphy tuvo un papel protagónico en la rebelión de Wexford contra los ingleses.

[3]​ En 1992 los dominicos se instalaron en el edificio del antiguo Monasterio de Santa María la Real, en la calle San Vicente.

[8]​ Tras lo sucedido en el siglo XIX algunos de sus cuadros fueron a parar a otros sitios: Un artesonado mudéjar del siglo XVI, proveniente del desaparecido colegio, se encuentra en la Casa Consistorial de Sevilla.