Se construyó un pequeño claustro con su patio y cisterna en el centro, a la derecha de la iglesia.
Sus capillas fueron patrocinadas por ilustres familias valencianas, como los Noguera, Albelda, Garrigues, Lemos, monseñor Gaspar Selma, etc., algunas de ellas con derecho a enterramiento.
La comunidad religiosa se dedicaba desde su fundación a la enseñanza, con una cátedra de teología establecida en 1724.
En estos años, un matrimonio de la villa, Melchor y María Antonia Picot, dejaron a los religiosos una casa, junto a la iglesia de San Francisco, y unos campos, para construir un convento nuevo, que no fructificó.
Las obras de adaptación del nuevo convento iniciadas por fray Maseo Company fueron dirigidas por el arquitecto Juan Ríos Cogollos.
Había un hermoso patio de ladrillo a cara vista, que aún se conserva.
Posteriormente se impartieron los estudios de bachillerato elemental y clases nocturnas para los jóvenes que trabajaban.
Los franciscanos recuperaron la iglesia del antiguo convento de San Francisco en 1931.
El triunfo del Frente Popular en febrero de 1936, inició una convulsa etapa para el colegio.
El centro estudiantil fue reaperturado en octubre de 1939 produciéndose la fusión con la Academia Julián Ribera.
En 1977 se produjo una ampliación, cuyas obras fueron dirigidas por el arquitecto y exalumno Salvador Calatayud.
Ambas funciones fueron separadas en 1982 en dos cargos: el Representante del Titular y el Director Académico, que podrían desempeñar una o dos personas.