Subsecuentemente, cursa estudios de Filosofía en Roma en el Pontificio Ateneo Antoniano, donde recibe la licenciatura.

Estando destinado en Madrid, estudia y se licencia en Psicología en la Universidad Central al tiempo que ejerce de profesor en centros de educación especial.

Un mes más tarde, el arzobispo tomó posesión de su cargo.

En la Conferencia Episcopal Española, el arzobispo Amigo fue miembro de la Comisión Episcopal de Misiones y Cooperación entre las Iglesias, durante el período 1982 y 1983.

Este mismo año, y hasta 1993, trabaja como presidente de la Comisión Episcopal para el V Centenario del Descubrimiento y Evangelización de América.

Durante este periodo, Juan Pablo II, en 1990, lo nombró miembro de la Comisión Pontificia para América Latina.

Tres años después, en junio, Amigo vuelve a recibir al santo padre en Sevilla, para la clausura del 45.º Congreso Eucarístico Internacional y es nombrado (año 1993) presidente de la Comisión Episcopal de Obispos y Superiores Mayores de Religiosos e Institutos Seculares hasta el año 1999.

En julio de 1998 realiza la visita ad limina a Roma.

El arzobispo se manifestó contrario a la discriminación de la mujer en las cofradías de la Semana Santa, al instar en una pastoral a acabar con dicha discriminación.

Dicha postura fue ratificada, años más tarde por el arzobispo Juan José Asenjo Pelegrina.

En esta misma fecha obtiene el título de doctor honoris causa por la Universidad Tecnológica del Cibao.