Al principio, el colegio admitía exclusivamente hombres, pero desde 1978 se aceptaron mujeres, instaurando así la coeducación.

Aceptada la idea, a diferencia de los seminaristas, que eran internos, estos nuevos alumnos eran llamados los externos.

Cuando años más tarde los seminaristas pasaron a vivir al recién construido Seminario San José de la Montaña, en los antiguos locales solo se quedaron estudiando los alumnos del externado.

Gracias a la colaboración de varios jesuitas procedentes del país vasco, quedó erigido el edificio y las instalaciones del nuevo Externado de San José, sobre una cima que iniciaba en la 25 Avenida Norte, conocida también como Avenida Universitaria.

El 10 de octubre de 1986 un fuerte terremoto en San Salvador dejó inutilizadas las instalaciones del colegio, durante los siguientes dos años las clases fueron impartidas en diferentes locales, incluso en la Universidad Centroamericana "José Simeón Cañas"(UCA); en 1988 se inician clases en las nuevas instalaciones, las cuales son las actuales del colegio.

Después de las acusaciones gubernamentales sobre la enseñanza del marxismo, se redacta un documento histórico como respuesta, titulado "El Externado piensa así".

Ese día un vehículo de la Primera Brigada, con altavoces, circula anunciando: "¡Ellacuría y Martín-Baró ya cayeron!

El Externado San José fue considerado durante mucho tiempo una escuela para las élites, pero después del Concilio Vaticano II y la Conferencia de Obispos Latinoamericanos en Medellín en la década de 1960, los jesuitas y el personal decidieron hacer la educación más accesible para los pobres.

Sin embargo, a pesar de que el colegio ya no se ve como elitista, ha logrado mantener sus altos estándares de admisión y rendimiento académico basados en el coeficiente intelectual y la estabilidad psicológica del alumno.

Para los estudiantes de secundaria, las bajas calificaciones y/o los deméritos en la conducta personal pueden llevar a la rápida expulsión.

El Externado aún opera con este sistema de cuotas diferenciadas, y sigue siendo mixto.

Es de hacer notar que la iglesia tiene como módulo el triángulo el cual está presente en la edificación en sí, jardines y mobiliario.

Su color blanco, casi en su totalidad, la hacen ser aún más vistosa y agradable, pues genera sencillez.

Con el diseño el arquitecto Choussy trató de generar sobriedad y ante todo respeto por el crucifijo.

Han existido múltiples versiones del perico, pero la más aceptada y conocida es la de un perico con sombrero de plumas, camisa y corbatín que se encuentra sobre la palabra "Externado", esta ilustración aparece en los uniformes de deporte, cuadernos, publicaciones, murales , etc. nuestro inmenso clamor se dilata sin fin por la tierra y por el mar.

Voces: Brenda Alvarado, Egly Larreynaga, Sofía Martínez, Roberto Zelaya y Josué García (Promoción 1997).

Se encuentran otros personajes como el beato Rutilio Grande que fungió como rector académico.