[3][4] La primitiva iglesia fue levantada en el mismo solar que ocupa la actual, entonces extramuros de la ciudad.Varios historiadores, siguiendo lo transmitido por el deán Vicente Bendicho en 1640, opinan que se construyó sobre una mezquita, luego purificada y consagrada, como fue la actual basílica de Santa María.[5][4] En cambio, autores modernos como Figeras Pacheco y Camilo Jover, sostienen que fue de nueva edificación.Ya en el siglo XVII, una vez elevada a colegiata, fue totalmente demolida y en su solar fue levantada la actual iglesia.[8] Construida en estilo renacentista herreriano, sobria en su aspecto exterior, su construcción actual se realizó entre 1616 y 1662.La iglesia posee un aspecto exterior de una gran sobriedad, que estilísticamente se enmarca entre un Renacimiento tardío y el primigenio Barroco desornamentado.En el piso central se encuentra una imagen del santo, de pie, con sus atributos de obispo; lleva a sus pies una tina con tres niños, conforme a la morbosa leyenda que afirma que el santo los resucitó cuando el carnicero que los asesinó se disponía a venderlos como carne;[11] también hay un muchacho portando un cáliz.En la fachada exterior se encuentra un reloj solar, así como diversas inscripciones en almagre, recientemente restauradas.[13] El órgano tubular de la concatedral data de 1591 el cual ha sufrido varias intervenciones en el transcurso del tiempo y en la segunda República, durante un asalto al templo, el instrumento sufre un saqueo en la que pierde casi todos sus tubos.
Retablo de la capilla de San Nicolás, en el ábside del templo