La sección fue creada en 1933 por el expresidente Rodolfo Legerén, no obstante, se había afiliado a la Federación Argentina doce años atrás.
En sus primeros años obtuvo logros a nivel metropolitano; el club atravesó su mayor éxito durante los años 1980, al ganar tres ligas nacionales y tres campeonatos sudamericanos, además de finalizar subcampeón en el campeonato mundial de 1986.
No obstante, la institución comenzó un progresivo declive hacia los años 1990, con lo cual, para dedicar más esfuerzos al fútbol, se le fue reducido presupuesto, culminando en descenso a la segunda categoría en la temporada 2003-04.
En 2015, mediante acuerdos con el Club Ciclista Juninense, logró ascender a la Liga Nacional de Básquet.
Recién en 1933 formó un equipo para la 1.ª División y disputó su primer encuentro internacional ante Atenas de Montevideo, que perdió por dos puntos.
En esos años destaca su rivalidad con el equipo fuerte del momento en el baloncesto Metropolitano, el Club Obras Sanitarias.
En 1982 se logró el Apertura, el Oficial y repitió el triunfo en el Campeonato Sudamericano, superando a Obras que quedó subcampeón.
León Najnudel dejó el club para entrenar al CAI Zaragoza de España lo reemplazó el exjugador Luis Martínez.
En 1989 León Najnudel retornó al club y se logró un tercer entorchado en la Liga Nacional.
Ferro debutaría en dicha categoría en la temporada 2012-13 y, tras una buena primera ronda y una irregular segunda (donde le costó mucho ganar partidos de visitante) se colocó en cuarta posición con 35 puntos, uno más que su clásico rival, por lo menos en plano futbolístico, Vélez Sársfield.
Ferro mostró su interés y rápidamente compró la plaza que había vendido 10 años atrás.
Sin embargo, no pudo con Instituto en semifinales, quien lo barrió por 3-0, consiguiendo el equipo cordobés el ascenso a la máxima categoría sin necesidad de ganar la final ya que había resultado el mejor equipo de toda la fase regular.
En ese campeonato Estudiantes logró el ascenso al TNA, torneo del cual Ferro compraría una plaza, manteniendo viva la rivalidad (disputaron seis partidos en la temporada 2014-15).
Lugo de malos años para ambos, en la segúnda decáda del siglo XXI volverían a verse las caras seguido.