Su máximo logro deportivo fue la obtención del título en el Torneo Nacional de Ascenso 2005-06, que le valió el ascenso a la Liga Nacional de Básquet,[2]​ máxima categoría, en la cual se mantuvo diez temporadas consecutivas.

Sionista logró coronarse campeón del torneo organizado por la Asociación Paranaense de Básquet en 1996 y en 1997.

Sionista comenzó la temporada 2003/04 disputando la Copa Argentina 2003 en lo que fue su segunda participación, quedando eliminado en la primera fase ante Obras perdiendo los dos partidos.

[8]​ En el Torneo Nacional, Sionista, dirigido por Sebastián Svetliza, jugó el TNA 2, donde terminó quinto y fuera de la segunda fase.

Tras vencer al elenco nicoleño y lograr el ascenso, se enfrentó a Quimsa para determinar el campeón del torneo.

[12]​[13]​ Tras vencer a Quimsa en tres juegos, Sionista logró su primer título en el básquet profesional argentino.

[17]​ A pesar de sus buenos resultados, en Neuquén no pudo pasar del primer partido, perdiendo por uno ante Boca Juniors.

En la fase nacional, el equipo bajó el rendimiento y terminó en la novena posición, accediendo a la reclasificación donde Deportivo Madryn.

En la Liga Nacional terminó tercero en la primera fase, clasificando por segundo año consecutivo al Súper 8, donde llegó a semifinales y cayó ante Libertad de Sunchales, que más tarde sería campeón.

En la fase nacional de la liga terminó noveno, y en la reclasificación quedó eliminado ante Obras Sanitarias.

En dicha instancia, enfrentó a Bahía Blanca Basket, equipo que lo eliminó al ganar los tres primeros juegos.

En la Liga Nacional 2012-13 nuevamente cerró la primera fase sin clasificar al Súper 8, y en la segunda fase logró el ganar 15 de 30 partidos, lo cual lo emparejó con Atenas, equipo con el que ya había disputado instancias eliminatorias, todas ganadas por "el griego".

Durante la segunda fase, el equipo bajó el nivel y terminó con tan solo once victorias en treinta y ocho encuentros, finalizando último de su conferencia, la norte, a falta de disputarse tres partidos.

El rival fue Lanús, que con ventaja de localía, derrotó a Sionista en el primer partido y, si bien el equipo paranaense ganó el segundo juego, el elenco bonaerense ganó los dos juegos en Paraná y condenó al descenso al equipo local.

[28]​ Terminada esta participación, se puso en duda su continuidad en el baloncesto nacional, confirmado por el mismísimo presidente de la institución Marcelo Svetliza.