El Rey, sin embargo, ignoró estas demandas y Coote se unió a los Parliamentaristas.Operando desde el Úlster occidental, arrasó el noroeste de la provincia en los dos años siguientes.La ejecución de Carlos I en 1649 provocó que las fuerzas protestantes escocesas en el Úlster se unieran a la coalición realista liderada por el Duque de Ormond, dejando aislando a Coote.[3] Tras la Restauración, Carlos II le ennobleció como Conde de Mountrath en 1660 como recompensa por su apoyo.Aun así, las profundas divisiones entre los tres Justicias, especialmente sobre si se debía permitir recuperar sus tierras a los católicos, afectaron seriamente la efectividad de su gobierno.Se casó en primeras nupcias con Mary Rushe, hija de Sir Francis Rushe y luego con Jane Hannay, hija de Sir Robert Hannay y tuvo descendencia con ambas mujeres, incluyendo a Charles que heredó su título.
Círculo de
William Dobson
, Sir Charles Coote, II Baronet, ca. 1642, antes de ser elevado a noble, en Ballyfin Demesne
