Su esposa e hijo fueron escoltados por los rebeldes desde Kilkenny a Dublín por Richard Butler, III vizconde de Mountgarret, que era primo suyo.

Ormonde organizó varias expediciones desde Dublín para limpiar el área adyacente de fuerzas rebeldes.

Los jueces Reales sospechaban de Ormonde por su parentesco con muchos rebeldes, por lo que fue requerido en la corte tras liberar Drogheda.

El 16 de septiembre fue nombrado Teniente General, bajo las órdenes directas del rey.

La lealtad de los Covenanters Escoceses, presentes en el Úlster desde que habían desembarcado un ejército en el país en 1642 para aplastar la rebelión irlandesa, era muy incierta, como demostraría su posterior apoyo al Parlamento en contra del rey.

Tras establecer la tregua, Ormonde, siguiendo órdenes del rey, despachó parte de sus tropas a Inglaterra para luchar en el bando realista.

Ormonde se encontraba por tanto con la difícil tarea de reconciliar bajo la causa del rey a las distintas facciones presentes en Irlanda.

Tanto los Viejos Irlandeses (nativos de la isla) como los Viejos Ingleses (católicos irlandeses de ascendencia inglesa) se encontraban representados en la Irlanda confederada, que era esencialmente un gobierno católico independiente basado en Kilkenny.

Por otra, cualquier concesión realizada por Ormonde a los confederados debilitaba su apoyo entre protestantes ingleses y escoceses en Irlanda.

Sin embargo, la Asamblea General Confederada rechazó el pacto, en parte a causa de la influencia del nuncio apostólico del papa Inocencio X, Giovanni Battista Rinuccini, que deseaba evitar que los católicos firmaran un tratado de compromiso sin suficientes concesiones.

Los firmantes del tratado fueron arrestados y los confederados declararon finalizada la tregua con los realistas.

Pronto fue evidente que Ormonde no podría mantener Dublín contra los rebeldes él solo.

A principios de agosto de 1647 se embarcó hacia Inglaterra, y entregó Dublín y todas las tropas aún bajo su mando al comandante parlamentarista Michael Jones.

Ormonde fue el sexto canciller del Trinity College en Dublín, entre 1645 y 1688.

Así mismo recuperó sus enormes propiedades de Irlanda, y una apreciable indemnización por la fortuna invertida al servicio del rey, a añadir al importe de 30.000 £ que le entregó el Parlamento Irlandés.