ChIP-on-chip
Al igual que ChIP normal, ChIP-on-chip se utiliza para investigar las interacciones entre las proteínas y el ADN in vivo.
Por lo tanto, ChIP-on-chip ofrece potencial para complementar nuestro conocimiento sobre la orquestación del genoma a nivel de nucleótidos e información sobre niveles más altos de información y regulación a medida que se propaga por la investigación en epigenética.
Las plataformas técnicas para realizar experimentos ChIP-on-chip son las micromatrices de ADN, o "chips".
Por último, durante la parte de laboratorio seco del ciclo, los datos recopilados se analizan para responder a la pregunta inicial o generar nuevas preguntas para que el ciclo pueda comenzar de nuevo.
Por lo general, esto se hace mediante una fijación suave con formaldehído que es reversible con calor.
Los anticuerpos pueden estar unidos a una superficie sólida, pueden tener una perla magnética o alguna otra propiedad física que permita la separación de complejos entrecruzados y fragmentos no unidos.
Los siguientes tres métodos se utilizan ampliamente: rango percentil mediano, error de matriz única y ventana deslizante.
En el pasado reciente, el enfoque de ventana deslizante parece ser el favorito y, a menudo, se describe como el más poderoso.
Luego, el análisis posterior puede querer inferir motivos de nucleótidos y otros patrones para permitir la anotación funcional del genoma.
La mayoría de los estudios publicados que utilizan ChIP-on-chip repiten sus experimentos al menos tres veces para garantizar mapas biológicamente significativos.
La mayoría de los protocolos ChIP-on-chip utilizan la sonicación como método para romper el ADN en pedazos pequeños.
ChIP-on-chip requiere anticuerpos altamente específicos que deben reconocer su epítopo en solución libre y también en condiciones fijas.
Las empresas que proporcionan anticuerpos de grado ChIP incluyen Abcam, Cell Signaling Technology, Santa Cruz y Upstate.
También están disponibles anticuerpos contra una modificación de histona específica como H3 tri metil K4.
La técnica ChIP-on-chip que utiliza todos los ORF del genoma (que, sin embargo, permanece incompleto y le faltan regiones intergénicas) se aplicó con éxito en tres artículos publicados en 2000 y 2001.
ChIP-on-chip en sistemas de mamíferos ha sido difícil debido a los genomas grandes y repetitivos.
