Sin embargo, existen algunos ligandos de unión al surco menor del ADN conocidos como netropsina,[6] distamicina, Hoechst 33258, pentamidina, DAPI y otros.
Las proteínas estructurales que se unen al ADN son ejemplos bien conocidos de interacciones proteína-ADN no específicas.
En eucariotas, esta estructura implica la unión del ADN a un complejo de pequeñas proteínas básicas llamadas histonas.
[10] Las modificaciones químicas que pueden sufrir estos residuos de aminoácidos básicos incluyen metilación, fosforilación y acetilación.
[14][15] Estas proteínas son importantes para plegar grupos de nucleosomas y organizarlos en estructuras mayores que finalmente dan lugar a los cromosomas.
Por el contrario, otras proteínas han evolucionado para unirse a secuencias de ADN específicas.
En primer lugar, pueden unirse a la ARN polimerasa responsable de la transcripción, ya sea directamente o mediante otras proteínas mediadoras; esto ubica la polimerasa en el promotor y le permite comenzar la transcripción.
[18] Alternativamente, los factores de transcripción pueden unirse a enzimas que modifican las histonas en el promotor.
Experimentos recientes de molécula única demostraron que las proteínas de unión al ADN se vuelven a unir rápidamente para que dicha unión se produzca en la orientación correcta y así reconocer la secuencia diana.