CHIP-seq

[1]​ En una primera fase se realiza la inmunoprecipitación de la cromatina para seleccionar las secuencias del ADN que presentan sitios de unión para una determinada proteína.La técnica de ChIP-seq se utiliza sobre todo para determinar cómo los factores de transcripción y otras proteínas asociadas a la cromatina (por ejemplo, las histonas) influyen en transcripción génica.Un ejemplo de este uso es seleccionar las regiones del genoma que presenten modificaciones específicas de las histonas.Las histonas pueden sufrir procesos de metilación, acetilación, etc. que les permiten regular la expresión génica.Usando este tipo de análisis podemos identificar qué regiones son promotores y potenciadores.