Se construyó en 1868 el denominado Camino de San Rafael para facilitar el acceso al cementerio a familias y trabajadores, que pasaba por los prados de doña Justa.

Entre estas víctimas en la zona republicana se encontraban religiosos y seglares que fueron enterrados en fosas comunes, algunos de ellos beatificados posteriormente, como el caso de los agustinos beatificados en 2007 por el papa Benedicto XVI.

[3]​[4]​ Cincuenta y tres cadáveres de las fosas comunes fueron exhumadas en 1937, entre ellos el del escritor José María Hinojosa.

[5]​ Tras la victoria del bando sublevado en la batalla de Málaga (1937), un número indeterminado de malagueños fueron fusilados ante la tapia del cementerio, y posteriormente enterrados en fosas comunes.

Finalmente, la cuarta y última fase, prevé la construcción de un centro de interpretación de la Memoria Histórica en la zona este junto a las fosas para que los ciudadanos conozcan los sucesos que aquí acontecieron, mientras que en la parte norte se edificarán gradas, equipamiento deportivo, una pradera y mobiliario urbano.