Y así continuó hasta 1571, cuando Jaca volvió a tener obispo propio, como sucede en el presente.

[8]​[9]​ Una vez construida la planta de la catedral dentro del estilo románico inicial, se procedió paulatinamente a construir las dependencias para el cabildo, que pertenecía a la orden de san Agustín, y mantenía una vida en comunidad, por lo que fue preciso dotarle de claustro, sala capitular, refectorio, dormitorio y otras dependencias.

Más adelante, durante la monarquía visigoda, continuó habitado, se empleó como cementerio y, posiblemente, albergó un templo cristiano.

La puerta principal se sitúa a los pies de la nave, orientada al oeste.

[12]​ El resultado es una torre campanario de dimensiones desmesuradas, pesada y desconectada del templo románico.

En el muro sur se abre una puerta que comunica con la plaza de la Catedral.

Posteriormente, en la construcción del pórtico que protege la puerta, se reutilizaron capiteles del templo románico con las temáticas siguientes: A ellos se añaden, en el pórtico, dos capiteles con motivos vegetales y tres con figuras humanas que sujetan grandes aves, representadas muy esquemáticamente.

[13]​ También aquí, en el muro, se encuentra tallada la unidad de longitud denominada vara jaquesa, equivalente a 77 centímetros[14]​.

El tímpano de la puerta principal es un bajorrelieve que está presidido por un crismón y flanqueado por dos leones en cuyas garras aparecen sendas figuras humanas.

Encima una inscripción latina manifiesta: "El león sabe perdonar al caído, y Cristo a quien le implora".

La traducción latina de su inscripción viene a decir: "El poderoso león aplasta el imperio de la muerte" La traducción del texto latino situado al pie del tímpano vendría a decir: "Si quieres vivir, tú que estás sujeto a la ley de la muerte, ven suplicando, rechazando venenosos placeres.

La central (mide 28,30x9 metros)[18]​ es más ancha y alta que las laterales, lo que permitió, en el siglo XVI, al levantarse la nueva bóveda, abrir cinco ventanales a cada lado para iluminar el interior del templo.

En el interior del templo, repartidos en los pilares, columnas, muros y presbiterio, se contabilizan 28 capiteles, de diversos tamaños, con temas figurativos, vegetales y esquemáticos que revelan la existencia de varios escultores.

Por otra parte, destaca la reja románica de hierro forjado que impide el acceso al altar.

El más pavoroso, registrado en 1447, obligó al cabildo a construir las bóvedas actuales.

Ocupaba los tramos tercero y cuarto de la nave central, contados desde el presbiterio.

[27]​ En la primera mitad del siglo XVI, una vez construidas las bóvedas góticas de las naves laterales, se habilitaron diversas capillas promovidas por los sectores eclesiásticos, gremios y familias acaudaladas de la ciudad.

Tiene planta cuadrada y crucería del mismo estilo gótico tardío que el de las naves laterales.

A la derecha se encuentra un crucifijo de tamañno natural, en madera policromada, al que los fieles tienen especial devoción.

Está rehundida en el muro, por lo que tiene poca profundidad, se abre con un arco escarzano y la cubre una estrecha bóveda de crucería.

Tiene banco con la escena de la Última Cena, aunque faltan los dos relieves que la flanqueaban, y tres calles con dos pisos.

La capilla está precedida de un arco carpanel flanqueado por pilastras que rematan en largos pináculos, este conjunto arquitectónico pertenece al estilo Reyes Católicos.

La portada se remata con un óculo que a cada lado tiene un tritón, un tema claramente renacentista.

La imagen del difunto, realizada en alabastro, es de cuerpo entero, yacente, con los atributos episcopales, como son el báculo y la mitra.

Sobre él, adosada al muro, se muestra la Asunción de María con la luna a sus pies, como se recoge en el Apocalipsis,[36]​ y con tres ángeles, de inspiración migelangelesca a su alrededor, mientras que dos angelitos le colocan la corona.

Todo ello está enmarcado por un arco de medio punto, con altorrelieves en las enjutas que representan a profetas, arquitrabe partido y rematado por un frontón triangular, que sustentan dos columnas corintias decoradas en el primer tercio con relieves renacentistas de buena factura.

Estas pinturas fueron realizadas en 1789 por Luis Muñoz, afincado en Huesca, con estilo barroco aunque con técnica rudimentaria.

La planta de la capilla es cuadrada, se cubre con cúpula semiesférica, apoyada en trompas, y está decorada con casetones adornados con florones en el centro.

Tiene tres calles, separadas por columnas corintias; en la calle central se representa a la Trinidad: Dios Padre sentado (su rostro recuerda al Moisés de Miguel Ángel), que sostiene con sus manos al Hijo crucificado y entre los dos está la paloma del Espíritu Santo.

La policromía, en la que predominan los dorados, corrió a cargo del pintor jaqués Nicolás Jalón.