Luego comenzaron a acudir representantes del pueblo llano y las presidía el Teniente Corregidor que era dependiente del Corregidor General y representaba a la corona en el señorío de Vizcaya.

Con el establecimiento del Corregimiento en Vizcaya y de sus Tenientes Generales en 1401, existió un Teniente General o Alcalde Mayor que no podía ser vizcaíno, sino de la otra banda del Ebro.

La merindad de Las Encartaciones estaba organizada en las diez repúblicas se gobernaban con una administración simple y elemental, de costumbres y uso, reuniéndose en Concejo abierto previa convocatoria de vecinos, que presidían los más ancianos, versados o entendidos.

Basaba su autoridad en el Fuero de Uso y Costumbres cuya escritura data del año 1394.

La relación entre ambos organismos no estuvo exenta de fricciones que con la política de integración del Señorío llevada a cabo a partir del siglo XVII se produjeron problemas dentro los propios encartados.

[3]​ Con la nueva ordenación del territorio del País Vasco surgida con el estatuto de autonomía en Vizcaya se constituye la comarca de Las Encartaciones formada por los municipios de Arcentales, Galdames, Gordejuela, Güeñes, Carranza, Lanestosa, Sopuerta, Trucíos y Zalla.

En 1806 se deja de usar al ser disueltas las Juntas Generales encartadas.

[4]​ Junto al edificio del concejo se construyeron otras equitaciones.

Entre 1942 y 1957 se realiza una reforma integral de conjunto monumental.

Se realizó una nueva distribución del interior para adecuarlo al uso como museo y oficinas.

La Diputación encarga a los arquitectos Javier Muñoz, Josu Urriolabeitia y Susana Menoyo que realizan una adecuación de los espacios en los diferentes edificios, creando salas museísticas en la Casa del Juntas y oficinas en la casa del Corregidor y construyendo un nuevo edificio frente a los existentes.

Completaron el museo con piezas diversas y se elaboró un discurso histórico sobre Las Encartaciones.