El matrimonio de sus padres había sido concertado para honrar a su padre emparentándole con la familia real, por los reyes Carlos IV y María Luisa, cuyos nombres llevaría en su honor, y viajaron hasta la corte desde El Escorial para apadrinarla en su bautizo, que fue oficiado en la Real Cámara por el cardenal Lorenzana, arzobispo de Toledo.

Los esposos vivieron separados desde poco después del nacimiento de Carlota Luisa.

El exilio romano también dejó profunda huella en el carácter y formación de la muchacha.

El nuevo rey Fernando VII guardaba a Godoy un gran rencor: confiscó sus bienes, suprimió todas las dignidades y pensiones que le había otorgado su padre, y durante muchos años le prohibió regresar a España con su familia.

Pero al fin le dio Real Licencia para casar con un noble italiano en 1821, durante la cesación del absolutismo provocada por el Pronunciamiento de Riego.

El rey Carlos IV, como administrador perpetuo del maestrazgo, se lo había vendido a Godoy con sus derechos anejos al precio de cinco millones y medio de reales.