Se dedicó más tarde al comercio y fue nombrado juez del fuero civil por el gobernador Justo Daract.

En 1863 fue arrestado en Mendoza, por haber intentado impedir la invasión porteña a las provincias de Cuyo.

Permaneció en la cárcel hasta 1866, aparentemente por orden de Domingo Faustino Sarmiento.

Estos abrieron la cárcel, de donde salió un gran número de montoneros y oficiales federales que habían sido apresados durante las guerras civiles contra el caudillo Ángel Vicente Peñaloza, entre ellos Rodríguez.

Como era el que más experiencia política tenía, fue elegido gobernador por los rebeldes.

Regresó a San Luis en 1878 y abrió un estudio de abogado.