Aunque nominalmente independiente, la influencia póntica sobre Capadocia fue continuada por su hijo Mitrídates VI del Ponto.
Mitrídates VI instaló entonces a su hermana Laodice, viuda de Ariarates VI, como regente del infante Ariarates VII, consolidando aún más el control póntico sobre el reino.
Mitrídates VI del Ponto también envió una embajada a Roma, solicitando la aprobación romana de su dominio sobre Capadocia.
Con Capadocia asegurada, Mitrídates invadió el reino de Bitinia, derrotando al rey Nicomedes IV en el 90 a. C. Nicomedes IV se vio obligado a huir a Italia.
Su muerte provocó un vacío de poder en Asia Menor, lo que permitió a Mitrídates VI invadir y conquistar el reino sin líder.
Dado que Mitrídates VI volvía a tener planes para los protectorados romanos en Asia Menor, incluida Capadocia, Roma lanzó la Tercera Guerra Mitrídica para acabar con la amenaza póntica.
Al ser derrotado por Pompeyo, Mitrídates VI huyó de nuevo a Armenia.
Mientras que Mitrídates VI estaba ansioso por luchar contra los romanos una vez más, su hijo menor, Farnaces II del Ponto, no lo estaba y conspiró para apartar a su padre del poder.
Con Mitrídates VI ausente de Asia Menor, Pompeyo anexionó oficialmente Bitinia, el Ponto y Cilicia a la República Romana como provincias.
Con Armenia reducida, Pompeyo se dirigió entonces al sur y anexionó oficialmente el reino cliente romano de Siria en la República como provincia al deponer a su rey Antíoco XIII Asiático.
Ariobarzanes II reinó como rey cliente de Roma hasta el año 51 a. C., cuando fue asesinado por fuerzas leales al vecino Imperio Parto.
Capadocia se convirtió en un actor importante durante las guerras civiles republicanas romanas.
Cuando los romanos estaban distraídos por la guerra civil, Farnaces II, el rey cliente romano del reino de Bósforo e hijo menor de Mitrídates VI, decidió aprovechar la oportunidad y conquistó Cólquida y Armenia Menor (territorios de la provincia romana del Ponto).
Se encontraron en la batalla de Nicópolis, en Anatolia oriental, donde Farnaces II derrotó al ejército romano e invadió gran parte de Capadocia, el Ponto y Bitinia.
César se enfrentó a Farnaces II en la batalla de Zela, derrotando decisivamente al rey póntico y reafirmando el dominio romano sobre Asia Menor.
A su regreso al reino del Bósforo, Farnaces II fue asesinado por su yerno Asandro.
Mientras Octavio aumentaba su apoyo en Occidente, Antonio se acercaba cada vez más a la reina egipcia Cleopatra.
Viajando por Asia Menor y el Levante desde Grecia hasta Egipto, el rey capadocio Arquelao y los demás reyes clientes orientales declararon su lealtad a Octavio.
Cuando Octavio se convirtió en "Augusto" como primer emperador romano en el año 27 a. C., Capadocia se convirtió en un importante reino cliente oriental de confianza, manteniendo su independencia tributaria bajo el reorganizado Imperio Romano.
Arquelao se convirtió en un importante rey cliente para la política oriental de Augusto.
Tras la guerra civil romana del 69, el emperador Vespasiano elevó la provincia a rango senatorial, equiparando su gobernador al de Siria.
El primer capadocio admitido en el Senado romano fue Tiberio Claudio Gordiano, durante el reinado de Marcus Aurelius a mediados del siglo II d. C..[1] Tras la reorganización provincial de Diocleciano, los territorios pónticos y armenios fueron divididos, y la provincia quedó reducida a la región de Capadocia propiamente dicha.
Estaba dirigida por un consularis y pasó a depender de la diócesis del Ponto.
El futuro emperador Juliano pasó sus primeros años en una finca remota, Macellum.
A principios del siglo VII, la región fue capturada brevemente por el Imperio sasánida.