El Campeonato Ecuatoriano de Fútbol Serie B 2003, conocido oficialmente como «Campeonato Nacional de Fútbol Serie B 2003», también llamado comercialmente como «Copa Pilsener Serie B 2003», fue 26.ª temporada del Campeonato Nacional de Fútbol Ecuatoriano Serie B, mientras que fue la 39.ª edición incluyendo los torneos cortos conocidas como etapas.

La Serie B fue disputada por diez clubes de fútbol.

Fue patrocinado por la Cervecería Nacional a través de su marca Pilsener.

Por primera vez el campeonato tuvo un nombre comercial: la Cervecería Nacional auspició y patrocinó con su producto Pilsener debido a una realización del torneo en el patrocinio de Pilsener, El torneo se llamó la Copa Pilsener Serie B hasta 2008.

Tomaron parte en las competición 10 equipos, entre ellos se destaca el retorno de los históricos Centro Deportivo Olmedo, tras 9 años ausente de la categoría y Club Social y Deportivo Macará, tras 5 años ausente de la categoría.