En la segunda mitad del siglo XVI la biblioteca fue enriquecida todavía más por el banquero y humanista Ulrich Fugger (descendiente de Ulrich Fugger el Viejo).
En agosto de 1623 llegaron a la Biblioteca Vaticana 184 cajas con 3500 manuscritos y 12 000 libros impresos.
Algunos libros permanecieron en Alemania, como el Codex Manesse, que quedó en posesión de Federico V del Palatinado, o unos cuantos centenares que estaban duplicados y de los que sólo un ejemplar se envió a Roma.
En 1816 se incrementaron estos fondos con un grupo de 852 manuscritos (sobre todo en lengua alemana) cedidos por el papa.
Entre los ejemplares más importantes están el Codex Aureus o Evangeliario de Lorsch, la Biblia de Ottheinrich,[4] el Falkenbuch o De arte venandi cum avibus[6] (cpl 1071, encargado por el emperador Federico II), el Codex Manesse (cpg 848), el Sachsenspiegel (cpg 164) o el llamado Codex Palatinus de la Antología Palatina.