Tras una estancia breve y frustrante en Quíos, donde se vio implicado en las disputas internas de los católicos de la isla, volvió a Roma, donde estudió Medicina, carrera que nunca llegó a ejercer.

En 1618 comenzó a trabajar en la Biblioteca Vaticana ordenando y catalogando la colección de códices griegos.

El papa Alejandro VII lo nombró en 1661 custodio de la Biblioteca Vaticana, puesto que conservó hasta su muerte, en 1669.

Esta convicción le llevó a integrarse en la Academia Basiliana, un grupo ecumenista de intelectuales fundado por el cardenal Barberini en 1631.

Según Alacio, las iglesias orientales podían reintegrarse a la unidad sin perder su independencia jerárquica y sus rituales tradicionales.

Cuando publicó en 1651 la primera edición impresa de las obras de Jorge Acropolita (el emisario del emperador bizantino que, en el siglo XIII, por haber reconocido la supremacía del pontífice romano, se convirtió por ello en una celebridad, al menos en el Oeste), incluyó un prefacio en latín, De Georgiis eorumque Scriptis, en el que insistía, con una argumentación sólida, en los puntos que unían a ambas iglesias.

437) por Johann Albert Fabricius, que las divide en cuatro clases: Sus manuscritos (unos 150 volúmenes) y su voluminosa correspondencia erudita pasaron tras su muerte al Colegio Griego de Roma.

Nuestra principal fuente sobre Alacio es la biografía incompleta escrita por Stephanus Gradi, Leonis Allatii vita, publicada por el Cardenal Mai en Nova Bibliotheca Patrum.