Decas Decadum, sive plagiariorum et pseudonymorum centuria (1689) es la única de sus obras que firmó con el nombre Faber.

A Fabricius se le atribuyen 128 libros, pero muchos ellos simplemente los editó.

Una obra complementaria fue la Bibliotheca Latina mediae et infimae Aetatis (1734-1736; volumen suplementario por C. Schottgen, 1746; ed.

Su chef-d'oeuvre, sin embargo, es la Bibliotheca Graeca (1705-1728, revisada y continuada por G. C. Harles, 1790-1812), una obra que ha sido llamada justamente maximus antiquae eruditionis thesaurus.

Su Codex Apocryphus (1703) sigue considerándose indispensable como autoridad sobre la literatura cristiana apócrifa.