En 1730 se hizo profesor en la facultad de filosofía, siendo uno de sus alumnos más destacados el Barón von Grimm.
Ernesti es conocido por la agria disputa que mantuvo con Johann Sebastian Bach.
Bach, que era el Kantor o director musical de la ciudad de Leipzig desde 1722, había visto cómo su relación con la corporación municipal comenzaba a deteriorarse a partir de 1728.
La disputa entre ambos fue creciendo, pues evidentemente Bach no estaba dispuesto a ello, y además ambos poseían caracteres muy fuertes y visiones musicales encontradas; a raíz de esto, Bach comenzaría a abandonar parte de sus obligaciones docentes y la composición de música sacra.
Ernesti seguiría siendo su enemigo y denostaría la música de Bach.