Numerosas batallas se libraron antes de que las fuerzas liberales tomaran la ciudad de Bogotá en 1861, capturaran al presidente y proclamaran dictador al general Mosquera.
Sin embargo la guerra continuó con numerosos jefes conservadores deseosos de recuperar el gobierno.
Mientras tanto, en Ecuador el presidente Gabriel García Moreno imponía un gobierno centralista fuerte y deseoso de grandeza.
Mientras Arboleda creó un estado de confusión en la vanguardia el mayor Matías Rosero localizó a García Moreno y tras un corto enfrentamiento con su escolta le dejó indefenso y lo capturó.
Por el acuerdo que debió aceptar García Moreno, Ecuador se comprometía a entregar a los conservadores colombianos 4.000 fusiles, 200.000 cartuchos, 400.000 fulminantes, 2.000 uniformes y 6.000 pesos mensuales para derrocar al presidente Mosquera.