Posteriormente, tras haber sido utilizado conjuntamente por el Ejército del Aire y del Espacio y Aena, esta última para la aviación ejecutiva, actualmente dichas operaciones han sido trasladadas al Aeropuerto Adolfo Suárez Madrid-Barajas.
Anexa a esta base se encuentra ubicada la sede central del Instituto Nacional de Técnica Aeroespacial.
España insistió en que los aviones F-16 se retirasen de Torrejón como condición para la renovación del acuerdo de las bases y amenazó con expulsar a todas las fuerzas de Estados Unidos en España si esta demanda no era aceptada.
[cita requerida] Los Estados Unidos consideraban que la contribución militar española era mínima, y el gobierno español tenía factores internos que permitían un debilitamiento de las defensas de la OTAN.
[cita requerida] En enero de 1988 España y los Estados Unidos anunciaron conjuntamente que habían alcanzado un acuerdo que cumplía las condiciones exigidas por España.
El 28 de junio, la 613 TFS fue desactivada y sus aviones enviados a los Estados Unidos.
Las cosas habían llegado hasta tal punto que los operadores de la terminal madrileña se vieron obligados a prescindir de algunos puentes aéreos y cancelar vuelos por lo que trasladaron algunas operaciones al Aeropuerto de Torrejón (TOJ), refiriéndose a la base aérea, que en 1997 recibió permiso para uso civil tras un año de gestiones.
[3] Líneas Aéreas Navarras fue la única compañía que aceptó este cambio y, por tanto, hizo el vuelo inaugural como aerolínea del aeropuerto.
[4] La posibilidad de darle un uso civil a la base aérea había estado sobrevolando desde que en 1994 el Partido Comunista de España exigiese convertir la base aérea en un aeropuerto civil.