Es navegable solo en 120 metros; tiene el 87 por ciento del territorio ocupado, y el 63 por ciento de sector productivo cuenta con 71 atraques y 50 muelles.
Los constantes ataques de corsarios y piratas durante los primeros años del siglo XVI, así como los constantes asedios expansionistas de Francia, Inglaterra y Holanda, obligaron a la Corona española a establecer un sistema defensivo para proteger la ubicación de la bahía y su puerto.
Allí la profundidad de la bahía era de 16 a 18 brazas, por lo que los buques podían atracar a lo largo del litoral, directamente a la costa, empleando añadiduras o salientes de tablas sobre horcones.
En sentido general, la distribución del puerto era la siguiente: Desde el Castillo de La Fuerza hasta la plaza de San Francisco se encontraban los muelles principales, que prestaban servicio a los barcos provenientes o con destino a ultramar.
Unido a ello, la vida de la ciudad y del litoral del puerto se iría transformando, construyéndose, para el disfrute de la población, varios espacios públicos como la Alameda de Paula (1772).