La mayoría de los buques que llegan a la isla lo hacen por el puerto de La Habana.

Otras ciudades portuarias en Cuba incluyen Cienfuegos, Matanzas, Manzanillo y Santiago de Cuba.

El puerto fue creado a partir de la Bahía natural de La Habana que es accesible por una entrada estrecha que se divide en tres puertos principales: Marimelena, Guanabacoa, y Atarés.

La importancia de estas fortificaciones fue rápidamente reconocida por los ingleses, franceses, y los merodeadores del mar neerlandeses que atacaron la ciudad en el siglo XVI.

Las fortificaciones posteriores incluyeron la Fortaleza de San Carlos de la Cabaña, conocida como La Cabaña o Fuerte de San Carlos, construida en el siglo XVIII en el lado oriental elevada en la entrada del puerto como el mayor complejo de fortaleza en toda América.