Los primeros contactos portugueses con la comunidad cristiana local (los cristianos de Santo Tomás) fueron muy positivos, ya que los europeos fueron vistos como libertadores del acoso a que los sometían los navegantes árabes musulmanes, además, no faltaron las afirmaciones de la fe católica por parte de los cristianos indígenas.En 1552 se produjo un cisma en la Iglesia del Oriente y en 1553 Yohannan Sulaqa fue reconocido como el primer patriarca de la Iglesia católica caldea y envió a su hermano José Sulaqa como metropolitano de la India en comunión con el papa.Un obispo rival enviado por el patriarca nestoriano Eliyya VII (1576-1591) fue excluido por los portugueses.El propio Meneses insistió en que se nombrara a un latino para la sede de Angamaly.En la segunda mitad del siglo XVII, los holandeses conquistaron la fortaleza de Cranganor.A principios del siglo XVIII en la ciudad de Cranganor quedaban pocos católicos y todas las iglesias habían sido destruidas, incluida la catedral.Pero ese concordato, muy favorable a Portugal, de hecho nunca fue aplicado, sobre todo porque la propia Santa Sede lo denunció primero.
