Antiguamente la ciudad también era conocida como Nicefora, aunque esta denominación ha tenido históricamente poco uso y actualmente no se aplica.Fue fundada por el emperador seléucida Seleuco II Calinico (reinó entre el 246 y el 226 a. C.), a quien debió el nombre de Kallinikon o Callinicum que llevó hasta la conquista islámica, excepto un breve periodo en el que se llamó Leontupolis por el emperador León I el Tracio (quien reinó entre el 457 y el 474 d. C.).Las murallas de Rafiqah (casco histórico) fueron construidas por el califa Al-Mansur durante el califato abasí en el año 771 para protegerse del Imperio bizantino, llegando a alcanzar los 5000 metros y que eran un paso importante de rutas comerciales.En el siglo XVI Al-Raqa reaparece como un puesto aduanero otomano sobre el Éufrates.También se creó el eyalet de Rakka, pero la capital no era Al-Raqa sino Al-Ruha‘, 160 km más al norte.En el siglo XVII el famoso viajero otomano y escritor Evliya Çelebi solo describió tiendas de nómadas árabes y turcomanos en las inmediaciones de las ruinas.Así, Al-Raqa se convirtió en la "capital" de este autoproclamado (si bien no reconocido internacionalmente) protoestado y en su principal bastión en Siria.
