Afecto al nazismo, durante la guerra civil española el coronel Vallejo-Nájera dirigió los Servicios Psiquiátricos del Ejército franquista y escribió extensamente sobre la degeneración de la raza española, que, según él, habría ocurrido durante la República, postura adoptada también por Juan José López Ibor, Ramón Sarró, José Solé Segarra, Marco Merenciano y otros psiquiatras de su mismo bando.
[5] Esto no quiere decir que las relaciones personales o académicas entre los distintos profesores fueran fluidas.
Como revela su hijo, también psiquiatra, los equipos de ambos (Vallejo Nájera y López Ibor) tenían una rivalidad furibunda que les llevaba a despreciar y oponerse a cualquier afirmación del otro "bando", algo que al parecer era habitual en la medicina y en la academia española cuando dos "ilustres" catedráticos se dedicaban a una misma rama de especialización.
Así, en 1938 publicó Divagaciones intrascendentes, panfleto propagandístico del nacionalcatolicismo donde se exalta a quienes combatían bajo el mando de Franco en la "Cruzada": «Todos debemos unirnos en el Ejército y en su Caudillo, constructor de la Patria», exhortaba.
En esta obra proponía la creación de una Inquisición para la prensa, la tribuna y la radio, y presentaba la guerra como necesaria para reconquistar los principios del cristianismo, todo ello con profusión de expresiones racistas-antisemitas.
[6][7] En El factor emoción en la España nueva, otro opúsculo de «agitación y propaganda de guerra» y auspiciado por Acción Católica, llegó a sostener que la sonrisa equilibrada del Caudillo atraía a los seguidores del bien.
Los resultados de sus investigaciones proporcionaron al alto mando militar los argumentos "científicos" necesarios para justificar por qué presentaban a sus adversarios como una especie infrahumana, y Vallejo-Nájera fue ascendido a coronel.
[9] Franco se mostraba entusiasmado con la obra de caridad llevada a cabo con los huérfanos republicanos por Auxilio Social, y la veía como una pieza esencial para la definitiva "redención" de los errores izquierdistas cometidos por el pueblo español.
El equipo de Vallejo-Nájera contaba con dos médicos, un criminólogo y dos asesores científicos alemanes.
La autorización oficial para desarrollar sus teorías le llegó gracias a los contactos personales que mantenía tanto con Franco (su mujer era amiga de Carmen Polo) como con la Falange.
[17] Estas teorías se emplearon para justificar el secuestro de niños republicanos.
Los valores que en España contenían los requisitos indispensables para la salud nacional eran jerárquicos, castrenses y patrióticos.