Exiliado de su país en 1869 con motivo del movimiento independentista cubano iniciado por Carlos Manuel Céspedes.
Llegó a Yucatán en la goleta Isabelita con varios familiares, entre ellos su joven esposa, Ángela González y su hermano, el polígrafo Rodolfo Menéndez de la Peña, para dedicar su vida a la instrucción del pueblo yucateco, particularmente del pueblo maya.
Nunca regresó a su patria de origen, obteniendo la nacionalidad mexicana en 1872.
[1] Al igual que su hermano, se vio acosado por el gobierno cubano (entonces colonia española) al detectarse en los hermanos y en una parte de la familia Menéndez de la Peña, intenciones libertarias y actitudes de apoyo al movimiento independentista cubano que había sido declarado en octubre de 1868 por Carlos Manuel de Céspedes y que más tarde sería liderado por José Martí en el último tercio del siglo XIX.
En Izamal hizo construir el teatro Justo Sierra inaugurado en 1888 que sería el marco para los eventos culturales de la población.