La futura escritora y estudiosa Olimpia Fulvia Morata fue elegida como una de sus compañeras en la corte.

Ana de Este era nieta del rey Luis XII de Francia y por tanto estaba relacionada con Enrique II y sus hijos.

Por su matrimonio se había convertido en un miembro de la poderosa familia Guisa, y debido a sus raíces italianas, tuvo especialmente estrechos vínculos con la reina y luego reina madre, Catalina de Médicis.

Mientras que el asesino fue capturado e inmediatamente condenado a muerte, Ana de Este tomó todas las medidas posibles para acusar al jefe de los hugonotes franceses, Gaspar de Coligny, a quien ella hacía responsable del asalto.

Durante los siguientes tres años, la viuda presionó al rey y a sus tribunales de justicia con sus peticiones, pero en enero de 1566 el consejo del rey declaró el almirante de Coligny inocente e impuso silencio eterno en el asunto.

En situaciones políticamente difíciles actuó como mediadora entre su marido y el duque de Saboya, y al mismo tiempo ocupó su puesto en la corte de Francia.

Las entrañas y el corazón de la duquesa fueron enterrados en París y en Joinville, mientras que su cuerpo fue trasladado a Annecy, donde fue enterrada junto a su segundo marido.