Según arqueólogos, el municipio pudo haber sido habitado desde 3500 a. C., debido a evidencias basadas en las ruinas arqueológicas de Cihuatán, donde había una concentración de tribus mayas que lo ocupaban como un centro ceremonial a los dioses.Hacia los años 1200 a. C., pasaría al poder de los chortí, que eran subsidiarios del señorío Ultralempiro, y que fuesen desalojados alrededor del año 630 a. C., habiendo tomado el lugar nahuas chichimecas bajo el señorío de Cuzcatlán.Luego aparece el señor Abel Iraheta como el primer alcalde del municipio.[6] El principal río que envuelve a Aguilares es el río Acelhuate, el cual nace afuera del municipio cuya longitud que atraviesa en Aguilares es de 11.3 km.El río Acelhuate funciona como límite con los municipios de Guazapa y Suchitoto.El ferrocarril finalmente pasó a la historia debido a distintos problemas: las locomotoras habían terminado con su vida útil, siendo ya muy viejas para seguir conduciéndolas; los asentamientos de personas a las orillas de las líneas férreas debido al conflicto de la guerra y la extrema pobreza, problema dado desde la administración del "International Railway of Central America" (IRCA) en 1908 y a lo que FENADESAL respondió que los asentamientos eran ilegales.Fue asesinado siendo párroco de esta ciudad, mientras se dirigía a cumplir tareas pastorales en El Paisnal.De igual forma además de celebraciones religiosas, también existe el festival del maíz, siendo introducida por el padre Rutilio Grande y conocida también como "la cultura del maíz".[9] Entre los centros educativos que hay en la ciudad el más importante es el Instituto Nacional de Aguilares.
