La primera, en el 145 a. C., cuando Ptolomeo VIII purgó Alejandría de los intelectuales que apoyaban a sus rivales para la consecución del trono.
Edward Dodwell[7] se empeñó en demostrar que este fue el hijo más joven: Alejandro.
De sus dos trabajos mayores Asuntos en Asia (Ta kata ten Asian), en diez libros, y Asuntos en Europa (Ta kata ten Europen), en cuarenta y nueve libros, solo algunos fragmentos se conservan.
Consiste en un tratado geográfico sobre el Cuerno de África y las tierras alrededor del Mar Rojo.
Material de este quinto libro es citado directa o indirectamente por Diodoro Sículo, Estrabón, Plinio el Viejo, Claudio Eliano, Flavio Josefo,[9] y otros autores.
Focio dice que Agatárquidas escribió en el dialecto ático con un estilo de su agrado: limpio y abundante en pasajes sentenciosos.
Parece haber sido el primero en descubrir la verdadera causa de las inundaciones anuales del Nilo.