El buque fue nombrado en honor del almirante Reinhard Scheer, comandante alemán en la Batalla de Jutlandia.

El Admiral Scheer tuvo una carrera muy activa con la Kriegsmarine, incluido su despliegue en aguas españolas durante la Guerra Civil, donde bombardeó la ciudad de Almería.

Tras su retorno a Alemania fue desplegado en el norte de Noruega para interceptar los convoyes aliados hacia la Unión Soviética.

Formó parte del abortado ataque al convoy PQ 17 y condujo la Operación Wunderland, una incursión en el mar de Kara.

[5]​ El viejo acorazado Hessen fue retirado del servicio y su tripulación trasladada al nuevo panzerschiff.

Su objetivo oficial era controlar el flujo de material de guerra en España, aunque también registró buques soviéticos que cargaban suministros y protegió barcos que enviaban armas alemanas a las fuerzas del bando sublevado.

[10]​ Durante el despliegue en España Ernst Lindemann sirvió como primer oficial de artillería del buque.

El primer grupo sorprendió a los artilleros antiaéreos del Admiral Scheer, que, sin embargo, derribaron uno de los aviones.

Una de las bombas cayó en la cubierta sin explotar, y otras dos detonaron en el agua cerca del crucero.

[13]​ En noviembre de 1939 Theodor Krancke se convirtió en el nuevo capitán del barco.

[14]​ El crucero se sometió a profundas reparaciones mientras sus buques gemelos atacaban el comercio Aliado en el Atlántico.

[15]​ El Admiral Scheer fue modificado en los primeros meses de 1940 y se le instaló una nueva proa redondeada.

[10]​ También se le instalaron cañones antiaéreos adicionales y un actualizado equipo de radar.

[17]​ La primera salva del Admiral Scheer hizo impacto en el Jervis Bay, deshabilitando su equipo inalámbrico y su timón.

Los proyectiles de la segunda salva hicieron blanco en su puente y mataron a su capitán Edward Fegen.

[18]​ El crucero alemán hundió rápidamente el mercante armado, pero el tiempo que tardó en hacerlo permitió escapar a la mayoría del convoy y el Admiral Scheer solo pudo hundir 5 de los 37 barcos que lo componían.

El barco envió una señal de socorro, que el Admiral Scheer consintió deliberadamente, para llamar a las fuerzas británicas en el área.

Los incursores repostaron e intercambiaron información sobre el tráfico mercante Aliado en el área, separándose el 17 de febrero.

El Admiral Scheer entonces navegó a las Seychelles, al norte de Madagascar, donde localizó dos barcos mercantes con sus hidroaviones.

[25]​ El crucero británico HMS Glasgow, que estaba patrullando en el área, recibió los mensajes de las últimas víctimas del Admiral Scheer.

El vicealmirante Ralph Leatham, comandante de la Estación de las Indias Orientales, desplegó al portaaviones Hermes y a los cruceros Capetown, Emerald, Hawkins, Shropshire, además del australiano HMAS Canberra, para unirse a la caza.

[15]​[26]​ Fue, con mucho, el más exitoso buque corsario alemán de toda la guerra en el ataque al comercio aliado.

El día 23 el submarino británico Trident torpedeó al Prinz Eugen y le causó daños muy graves.

La duración de la misión y las distancias a recorrer impidieron disponer una escolta de destructores, por lo que los tres que acompañaban al Admiral Scheer se dieron la vuelta en Nueva Zembla para retornar a Noruega.

Los alemanes intentaron enviar al Admiral Scheer en compañía de su gemelo Lützow, pero tras haber encallado el mes anterior, este no estaba disponible para la misión.

Tras finalizar el bombardeo, el capitán decidió regresar a Narvik, donde echó anclas el día 30 sin haber logrado éxitos significativos.

[8]​ El mes siguiente el buque volvió a Wilhelmshaven para una revisión importante, pero allí fue atacado y ligeramente dañado por bombarderos británicos.

[43]​ Hacia marzo los cañones principales del Admiral Scheer estaban muy desgastados y necesitaban reparaciones, por lo que el 8 de marzo dejó el Báltico oriental en dirección a Kiel para retocar sus armas, transportando en este viaje 800 civiles y 200 soldados heridos.