Su motor BMW VI 6.0ZU de 660 hp se mostró inadecuado y fue sustituido en el segundo prototipo, He 60b, por una versión del mismo motor (BMW VI 7.3) que desarrollaba 750 hp; sin embargo, este nuevo motor no ofreció ninguna mejora sustancial y fue abandonado, revirtiéndose a la versión original.

El tercer prototipo, el He 60c, estaba equipado para el catapultaje y en las pruebas a que fue sometido demostró su viabilidad para operar embarcado.

[2]​ También participó en la guerra civil española con la Legión Cóndor,[1]​ asignado al Gemischte Aufklärungs- und Bombenstaffel See AS/88 (Grupo de reconocimiento naval), y más tarde con las fuerzas aéreas nacionalistas.

Este avión fue reemplazado inicialmente por el Heinkel He 114 y luego por el Arado Ar 196.

Todos los He 60 fueron retirados del servicio activo para octubre de 1943.