Posteriormente siguió apareciendo en manos de pilotos privados con resultados modestos.Cuando Škoda decidió desarrollar la versión World Rally Car del Fabia ya contaba con experiencia en el mundo de los rallies e incluso ya había homologado un vehículo de la casa en esta categoría: el Škoda Octavia WRC.En cuanto a la suspensión se le dotó de una tipo McPherson para la trasera y el motor procedía del viejo Octavia, aunque con su consiguiente puesta al día.A Armin Scharwarz se le sumaron con participaciones sueltas hasta siete pilotos distintos: Alexandre Bengue, que disputó cuatro pruebas, logrando el mejor resultado del año para el equipo, un sexto puesto en Córcega, Mattias Ekstrom que corrió tan solo Suecia, Mikko Hirvonen para Japón, Colin McRae en Gran Bretaña y Australia, Jani Paasonen con cinco pruebas en total, Janne Tuohino que disputó siete y Jan Kopecky que participó en cuatro.En 2006 con la retirada de Skoda, el Fabia siguió apareciendo en pruebas del campeonato del mundo con el equipo privado Red Bull Škoda Team que contó con los pilotos: Gilles Panizzi, Harri Rovanpera, Andreas Aigner y Mattias Ekstrom.
El piloto Jani Paasonen durante el Rally de Finlandia de 2004.
