Según la IUCN, en Indonesia hay 733 áreas protegidas que ocupan unos 231.946 km², el 12,17% del territorio, además de 181.848 km² de áreas marinas, el 3,06% de los 5.947.954 km² que pertenecen al país.
A esto hay que añadir nueve parques nacionales marinos.
El primer grupo de cinco parques se estableció en 1980, incrementándose hasta 41 en 2003.
En Indonesia hay siete sitios Ramsar que cubren una superficie de 13.729,76 km2.
En 2009, el presidente Susilo Bambang Yudhoyono declaró un objetivo para 2020 de 200.000 km².